Absolwent Wydziału Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Warszawie. W 1981 roku przygotował scenografię i współtworzył inscenizację opery Zbigniewa Rudzińskiego Manekiny w reżyserii Marka Weissa. Rok później spektakl miał premierę w Teatrze Wielkim w Warszawie, następnie odniósł wielki sukces we Francji i w Niemczech i otrzymał Nagrodę Międzynarodowego Festiwalu „Teatr Narodów” w Sofii.
W 1982 roku w poznańskim Teatrze Nowym Wiśniewski przygotował Panopticum à la Madame Tussaud. Wielkie umieranie, czyli czarna śmierć. Paris 1680 – swój pierwszy spektakl autorski. Przedstawienie prezentowane było wielokrotnie na najważniejszych scenach teatralnych i festiwalowych w Europie: w Hanowerze (Festival Theater der Welt), Grazu (Strerischer Herbst Festival) i Amsterdamie (Holland Festival). Rok później w Teatrze Nowym w Poznaniu miała miejsce prapremiera kolejnego jego spektaklu – Koniec Europy (Grand Prix, Nagroda Krytyki i Nagroda Publiczności na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym BiTEF w Belgradzie). Przedstawienie pokazywano również w Holandii (m.in. na Holland Festival), Danii, Niemczech, Hiszpanii, Austrii i Wielkiej Brytanii. W tym samym roku Janusz Wiśniewski otrzymał Nagrodę im. Konrada Swinarskiego. W 1984 roku spektakle Panopticum à la Madame Tussaud i Koniec Europy odniosły sukces na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym „Teatr Narodów” w Nancy, gdzie otrzymały wszystkie najważniejsze nagrody, w tym Grand Prix festiwalu i okrzyknięte zostały „najwybitniejszymi spektaklami teatralnymi na świecie w roku 1984”. W tym samym roku przyznano artyście Nagrodę Ministra Spraw Zagranicznych „za promowanie polskiej kultury za granicą”. W 1985 roku spektakl Koniec Europy otrzymał Nagrodę Specjalną First Fringe na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Edynburgu i odbył tournèe po Wielkiej Brytanii. W 1986 roku przedstawienia Koniec Europy i Manekiny zostały uznane wydarzeniami Festiwalu Jerozolimskiego. W 1987 roku w Teatrze Nowym w Poznaniu odbyła się prapremiera jego autorskiego spektaklu Modlitwa chorego przed nocą. Przedstawienie odbyło tournèe po Niemczech, Austrii i Holandii. W 1988 roku utworzony został Zespół Teatralny Janusza Wiśniewskiego działający w Centrum Sztuki Studio w Warszawie. Grupa przygotowała autorski spektakl Olśnienie, którego prapremiera odbyła się w 1989 roku w Teatrze Wielkim w Warszawie. Przedstawienie pokazywano m.in. na: Touch Time Festival w Amsterdamie, Europeo Teatro Festival w Bolonii, Theaterlandschaft Polen w Mülheim, Toronto World Stage Harbourfront. W 1990 roku spektakl otrzymał I Nagrodę First Fringe na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Edynburgu. W 1989 roku w Staatstheater w Kassel miała miejsce prapremiera autorskiego spektaklu Janusza Wiśniewskiego Der Schwarze Zug (Czarny pociąg), który krytycy niemieccy uznali przedstawieniem roku. W 1994 roku artysta przygotował dla Teatru Telewizji inscenizację Balladyny Słowackiego, uznaną za najlepszą produkcję roku Teatru TV. W 1995 roku w Operze Wrocławskiej Wiśniewski zrealizował Czarodziejski flet Mozarta. W 1996 roku w Düsseldorfer Schauspielhaus przygotował premierę Dybuka Szlomy An-skiego. Przedstawienie odbyło tournèe po Europie. Rok później w tym samym teatrze miała miejsce premiera Fausta Goethego. Spektakl grano w wielu krajach Europy i pokazywano na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Salonikach oraz Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Stambule. W 1999 roku w Teatrze Narodowym w Warszawie zrealizował spektakl Wybrałem dziś zaduszne święto według Samuela Zborowskiego Słowackiego. W 2001 roku w Teatrze Wielkim w Warszawie odbyła się premiera Siedmiu grzechów głównych Weilla / Brechta. W 2003 roku w Teatrze Nowym w Poznaniu miała miejsca premiera Króla Ryszarda III Szekspira. Rok później spektakl zdobył Złotego Yoricka, główną nagrodę w Konkursie na Najlepszą Inscenizację Dzieł Dramatycznych Williama Szekspira na VIII Międzynarodowym Festiwalu Szekspirowskim w Gdańsku. W 2004 roku w Teatrze Nowym w Poznaniu odbyła się prapremiera autorskiego spektaklu Wiśniewskiego Opera kozła. Spektakl pokazywano w Niemczech, Turcji i na XXIII Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym De Teatro de Màlaga w Hiszpanii. Rok później w tym samym teatrze zrealizował premierę Fausta Goethego. Spektakl powstał w koprodukcji z Międzynarodowym Festiwalem Teatralnym Fringe w Edynburgu w 25. rocznicę powstania Assembly Room. Podczas Festiwalu spektakl otrzymał nagrodę Herald Angel „za doskonałość”. Przedstawienie zdobyło publiczność w Niemczech, Włoszech, Turcji, Izraelu oraz na międzynarodowych festiwalach teatralnych: Festival de Otoño w Madrycie i De Teatro de Màlaga w Hiszpanii. Kolejnym spektaklem artysty w Teatrze Nowym w Poznaniu była Burza Szekspira (2008). Spektakl otrzymał Złotego Yoricka oraz Prywatną Nagrodę Pani Krystyny Wydżgi za scenariusz, reżyserię i grę zespołu aktorskiego na XII Międzynarodowym Festiwalu Szekspirowskim w Gdańsku. Przedstawienie okrzyknięto wydarzeniem Tbilisi International Festival of Theatre w Gruzji. W tym samym roku, również w Poznaniu, odbyła się polska premiera autorskiego spektaklu Janusza Wiśniewskiego Arka Noego. Nowy Koniec Europy. Projekt został zrealizowany we współpracy z Arena del Sole, Nuova Scena – Teatro Stabile di Bologna, The Cameri Theatre of Tel Aviv, Hessisches Staatstheater Wiesbaden, Schauspielheus Graz oraz International Theatre of Kosovo. W każdym z krajów partnerskich w latach 2009-2010 odbyły się kolejno premiery spektaklu. W 2009 roku Polska Sekcja Międzynarodowego Stowarzyszenia Krytyków Teatralnych AICT/IACT przyznała Wiśniewskiemu Nagrodę im. Tadeusza Boya-Żeleńskiego za spektakle w Teatrze Nowym w Poznaniu, w szczególności za: Fausta, Burzę i Arkę Noego. Nowy Koniec Europy. W roku 2010 odbyła się prapremiera jego autorskiego spektaklu Lobotomobil w Teatrze Nowym w Poznaniu, który Międzynarodowe Stowarzyszenie Krytyków Teatralnych określiło „najważniejszym spektaklem ostatniej dekady w Polsce”; a w 2012 prapremiera Jedermanna (autorska wersja średniowiecznego moralitetu i sztuki von Hofmannsthala) w Hessisches Staatstheater Wiesbaden, prapremiera autorskiego spektaklu Apokalipsa według Szekspira (wg Makbeta Szekspira) w Teatrze Narodowym Marin Sorescu w Craiovej w Rumunii oraz prapremiera autorskiego spektaklu Siedem lekcji dla zmarłych w Teatrze Powszechnym w Radomiu. Przedstawienie znalazło się na liście najlepszych spektakli tygodnika „Przegląd”. W roku 2013 odbyła się prapremiera Quo vadis słowami: Sienkiewicza, Eliota, Audena i innych w warszawskim Teatrze Polskim (pierwsze miejsce w rankingu spektakli sezonu tygodnika „Przegląd”) oraz premiera Ubu Rex Pendereckiego w Operze Bałtyckiej (Teatralne Nagrody Muzyczne im. Jana Kiepury za rok 2013 w trzech kategoriach: najlepszy reżyser, najlepsza śpiewaczka, najlepszy debiut śpiewaka). Ostatni spektakl prezentowano również na Musikfestspiele Saar w Saarbrucken i Kaiserslautern w Niemczech. W 2014 roku Wiśniewski zrealizował Martwe dusze wg Gogola w Teatrze Wybrzeże, autorski spektakl Dybuk. Demon z Marianpola w Teatrze Powszechnym w Radomiu oraz Balladynę Słowackiego w Teatrze w Elblągu. W 2015 roku miała miejsce premiera Szkoły żon wg Moliera w Teatrze Powszechnym w Łodzi – spektakl otrzymał dwie Złote Maski: za najlepszą reżyserię i za najlepszą rolę męską w sezonie 2014/2015 oraz premiera Dziewic i mężatek wg Moliera w Teatrze Ateneum. Rok 2016 to premiera Nosa wg Gogola w Och-Teatrze w Warszawie. W 2016 roku odbyła się również premiera Goplany Żeleńskiego w Teatrze Wielkim - Operze Narodowej. Spektakl nagrodzono prestiżową International Opera Award 2017 w kategorii „dzieło odkryte na nowo”. W roku 2017 Wiśniewski zrealizował Chorego z urojenia słowami: Moliera, Achmatowej, Audena, Strindberga, Eliota, Rilkego, Dickinson, Hioba w Teatrze Polskim we Wrocławiu. W 2019 roku w Teatrze Polskim w Warszawie odbyła się premiera Dziadów Adama Mickiewicza w reżyserii, scenografii i kostiumach autorstwa Janusza Wiśniewskiego.